ARC-8050T3-12でThunderbolt3のケーブルをiMacに差しなおしたところ、HDD2とHDD12がRAIDから外れてFree状態になった。

この問題は、Seagate の大容量ドライブとの互換性で発生する事があります。
ArecaのFirmwareを1.54 date 2017-07-11以降にすることで解決します。